A história de Santo Antão está intimamente ligada com o processo de descobrimento do arquipélago. A descoberta de Cabo Verde ocorreu século XV, mais precisamente em 1460 no âmbito do contexto da expansão das fronteiras portuguesas e no descobrimento de novas terras. A colonização portuguesa começou logo após a sua descoberta, sendo as primeiras ilhas a serem povoadas as de Santiago e Fogo.

Santo Antão foi descoberto dois anos depois da chegada dos portugueses a Cabo Verde, pelo navegador português Diogo Afonso que descobriu a ilha no dia 17 de janeiro de 1462.

Durante cerca de um século a contar da sua descoberta, a ilha de Santo Antão manteve-se deserta, sem presença humana. O povoamento terá tido início no ano de 1548. A atração para o povoamento das ilhas deve-se pelas condições geoclimáticas da ilha e disponibilidade de recursos naturais. Tanto que o povoamento ocorreu com maior intensidade nos atuais municípios do Paul e Ribeira Grande, tendo em conta que na área territorial que hoje configura o município do Porto Novo, pela sua fraca disponibilidade de recursos naturais (em especial a água), a população manteve-se, durante um longo período tempo, exígua. A expressividade do povoamento do Concelho do Porto Novo ocorre com a infraestruturação portuária e, por via disso, do surgimento de atividades ligadas ao porto marítimo.

À semelhança de outras ilhas, o sistema de governo de Santo Antão foi, nos primeiros séculos, o de Capitania Donatária. Por via deste sistema, o rei doava a ilha a um capitão-donatário, que assumia a iniciativa do seu povoamento e valorização económica. O donatário detinha amplos poderes nas esferas da justiça e dos impostos. Em 1732, com aumento populacional foi constituído, o Concelho de Santo Antão, e, bem assim, uma estrutura judiciária. Um século após, em 1867, a ilha de Santo Antão foi dividida em dois concelhos, surgindo, com sede Vila das Pombas, o Concelho do Paul.

Dada a proximidade entre a Vila da Ribeira Grande e a Vila das Pombas, em relação à extensão da ilha, uma reforma administrativa de 1892 procedeu à extinção do concelho do Paul, ficando Santo Antão com um único concelho, cuja sede foi instalada na Vila de D. Maria Pia (atual Ponta do Sol).

Em 1912, foi criado um novo concelho, sedeado no Porto dos Carvoeiros. Inicialmente designado por Porto dos Carvoeiros, por ser o principal ponto de entrada e saída de escravos em Santo Antão. O povoado de Porto dos Carvoeiros, com o seu cais acostável, esteve na génese da atual Cidade do Porto Novo. Em termos de organização administrativa, em 1917, reentrou em funcionamento o concelho do Paul, a que voltou a pertencer, nomeadamente, a parte sul da ilha, abrangida pela freguesia de S. João Baptista.

Em 1928, ao lado da freguesia de S. João Baptista, com sede em Ribeira das Patas, é criada a freguesia de Santo André, sedeada na localidade de Ribeira da Cruz. E em 1942, como forma de descentralização dos serviços municipais do Paul, foi criado um Posto Administrativo no Porto Novo, abarcando ambas as freguesias. Correspondendo a esta mesma área geográfica, foi de novo constituído, em 1962, o Concelho do Porto Novo.

A administração é hoje exercida pela Câmara Municipal e Assembleia Municipal eleita por sufrágio livre, apoiada por Delegações Municipais em diversas povoações do concelho.